水産庁は2017年度の新規事業として、輸出証明書発行の電子化事業を実施する。水産物の輸出に必要な証明書の発行手続の迅速化を図るため、輸出証明書の申請手続を電子化するもの。予算要求額は1700万円。

　水産庁は2017年度予算で水産物の加工・流通・輸出対策に15億6500万円（2016年度14億7300万円）を要求している。
　水産物輸出額を1700億円（2012年）から3500億円（2019年）に拡大する目標を立てており、これを達成するためにHACCP対応などを通じて輸出環境の整備を進める。HACCP認定の促進、輸出証明書の申請手続の電子化も合わせて輸出環境の整備促進を図る。
　国産水産物の消費拡大に向けては、消費者ニーズや産地情報の共有化、学校給食向け加工品の開発を支援する。国内における水産物の消費量が急減する中、国産水産物の消費拡大に向け、消費者や学校給食のニーズに応じた水産加工流通の取り組みを促進する。
　国産水産物流通促進事業、国産水産物安定供給セーフティネット事業も増額を要求している。水産物流通の目詰まり解消を図り、国産水産物の消費拡大につなげるため、水産物の消費者ニーズや産地情報の共有化、流通過程の各段階への個別指導、新商品開発や学校給食での利用促進に必要な機器の導入を支援する。
　水揚げ集中時に漁業者団体が水産物を買い取り、漁期外に放出して供給の平準化を図る場合には、国産水産物の保管経費を助成する。
　全国の主要漁港における主要品目の水揚量、卸売価格の動向に関する情報の収集・発信を行うとともに、水産加工流通に関する実態調査も実施する。